Schirach dukket opp ofte på møtene, slik som Nürnberg-rally i 1934, da han dukket opp med Hitler i stand til Hitlerjugend publikum. Hendelsen ble filmet og Triumf, på den propaganda film laget av Leni Riefenstahl for Nazi-Partiet. Schirach sett militaristiske tone av ungdom organisasjon, som deltok i militær-stil øvelser, samt å praktisere bruk av militært utstyr, som for eksempel rifler. I juli 1939, Schirach betalt Passau en formell besøk., I juli 1940, da en ny spille av Hans Baumann ble arrangert der, Schirach insisterte på at 2,000 lokale Hitler Youth medlemmer være en del av denne ytelsen.
I 1940, Schirach organisert evakuering av fem millioner barn fra byene truet av den Allierte bombingen. Senere det året han gikk inn i hæren, og meldte seg frivillig til tjeneste i Frankrike, hvor han ble tildelt Iron Cross før den blir husket. Han servert med 4. (maskingevær) Selskapet av Infanteri Regiment Großdeutschland i rangeringen av Gefreiter. Under den franske Kampanje, han ble forfremmet til Leutnant og dekorert for tapperhet.,
8. August 1940, Schirach lyktes Josef Bürckel som Gauleiter og Reichsstatthalter av Reichsgau Wien, kraftig innlegg hvor han ble frem til slutten av krigen. Han har også lyktes Bürckel som Reich Forsvar Commissioner av Wehrkreis (Militære Distrikt) XVII, som i tillegg til sin egen Reichsgau, inkludert Reichsgau Øvre Donau, Reichsgau Nedre Donau, og en del av Reichsgau Sudetenland. På den tiden han ble erstattet som Reichsjugendführer av Artur Axmann, selv om han beholdt sin posisjon som Reichsleiter for Ungdom Utdanning. Han oppnådd graden av SA-Obergruppenführer i 1941., 16. November 1942, jurisdiksjonen til Rikets Forsvar Kommisjonærene ble endret fra Wehrkreis til Gau nivå, og han beholdt kontroll av sivilforsvaret tiltak over bare Reichsgau Wien.
Schirach var en anti-unngå skyldfølelse, som er ansvarlig for å sende de fleste av Jødene fra Wien til Nazistenes konsentrasjonsleire. I løpet av hans tid, 65,000 Jøder ble deportert. I en tale på 15 September 1942, han sa at deres utvisning var et «bidrag til Europeisk kultur»., I 1942, den tyske komponisten Richard Strauss flyttet med sønnen Frans og hans Jødiske datter-in-law Alice og deres barn til Wien, slik at de kunne gis den beskyttelse som Schirach. Men 25 av hennes slektninger døde i Nazistenes konsentrasjonsleire.I 1944, Alice og Franz ble bortført av Wien Gestapo og fengslet for to netter. Strauss»s personlig appell til Schirach er lagret i dem, slik at han skal ta dem tilbake til sin eiendom i Garmisch-Partenkirchen, hvor de forble under husarrest frem til slutten av krigen.,
Senere under krigen, Schirach ba om en moderat behandling av de øst-Europeiske folkeslag og kritisert tilstandene der Jødene ble deportert. Han falt i disfavour med Hitler i 1943, men ble værende i sitt innlegg i Wien.
Schirach var svært engstelig om luftangrep. Han hadde kjelleren på Slottet Hofburg i Wien sentrum, renovert og tilpasset som et bomberom, og lavere nivå av den omfattende underjordiske Wien air defence coordination centre i skogene vest for Wien holdt personlig utstyr for ham., Wien umiddelbart kalt denne kommando-og kontroll-senteret «Schirach-Bunkeren».