Schirach a apărut frecvent la mitinguri, cum ar fi mitingul de la Nuremberg din 1934, când a apărut cu Hitler în trezirea publicului Hitlerjugend. Evenimentul a fost filmat pentru Triumph of the Will, filmul de propagandă realizat de Leni Riefenstahl pentru Partidul Nazist. Schirach a stabilit tonul militarist al organizației de tineret, care a participat la exerciții în stil militar, precum și la practicarea utilizării echipamentului militar, cum ar fi puștile. În iulie 1939, Schirach i-a făcut o vizită oficială lui Passau., În iulie 1940, când o nouă piesă a lui Hans Baumann a fost pusă în scenă acolo, Schirach a insistat ca 2.000 de membri locali ai Tineretului Hitler să facă parte din această reprezentație.în 1940, Schirach a organizat evacuarea a cinci milioane de copii din orașele amenințate de bombardamentele aliate. Mai târziu în același an, s-a înrolat în armată și s-a oferit voluntar în Franța, unde a primit Crucea de fier înainte de a fi rechemat. A servit cu compania a 4-a (mitralieră) a Regimentului de infanterie Großdeutschland în rang de Gefreiter. În timpul campaniei franceze, a fost promovat la Leutnant și decorat pentru curaj.,
Pe 8 August 1940, Schirach a reușit Josef Bürckel de Prefect și Reichsstatthalter de Reichsgau Viena, puternice posturi în care a rămas până la sfârșitul războiului. De asemenea, el a reușit Bürckel ca Reich Apărare Comisar de Wehrkreis (Districtul Militar) a XVII-a, care, în plus față de propriile sale Reichsgau, incluse Reichsgau Superioară a Dunării, Reichsgau Dunării de Jos și o parte din Reichsgau Sudetă. În acel moment a fost înlocuit ca Reichsjugendführer de Artur Axmann, deși și-a păstrat poziția de Reichsleiter pentru educația tinerilor. A obținut rangul de SA-Obergruppenführer în 1941., La 16 noiembrie 1942, jurisdicția Comisarilor Apărării Reichului a fost schimbată de la wehrkreis la nivelul Gau, și a păstrat controlul măsurilor de apărare civilă asupra Reichsgau Viena.Schirach a fost un antisemit, responsabil pentru trimiterea majorității evreilor din Viena în lagărele de concentrare naziste. În timpul mandatului său, 65.000 de evrei au fost deportați. Într-un discurs din 15 septembrie 1942, el a spus că deportarea lor a fost o „contribuție la cultura europeană”., În 1942, compozitorul german Richard Strauss s-a mutat cu fiul său Franz și nora sa evreiască Alice și copiii lor la Viena pentru a le putea oferi protecția lui Schirach. Cu toate acestea, 25 dintre rudele ei au murit în concentrare nazistă camps.In 1944, Alice și Franz au fost răpiți de Gestapo-ul vienez și închiși timp de două nopți. Apelul personal al lui Strauss către Schirach i-a salvat, permițându-i să-i ducă înapoi la moșia sa din Garmisch-Partenkirchen, unde au rămas în arest la domiciliu până la sfârșitul războiului.,mai târziu, în timpul războiului, Schirach a pledat pentru un tratament moderat al popoarelor Est-Europene și a criticat condițiile în care evreii erau deportați. A căzut în dizgrație cu Hitler în 1943, dar a rămas la postul său din Viena.Schirach era notoriu îngrijorat de raidurile aeriene. Pivnițele Palatului Hofburg din centrul Vienei au fost renovate și adaptate ca adăpost anti-bombă, iar nivelul inferior al Centrului subteran de coordonare a apărării aeriene din Viena, aflat în pădurile din vestul Vienei, a avut facilități personale pentru el., Vienezii au numit imediat acest centru de comandă și control „buncărul Schirach”.