Schirach gyakran jelent meg a gyűléseken, például az 1934-es nürnbergi gyűlésen, amikor Hitlerrel együtt megjelent a Hitlerjugend közönségének felkeltésében. Az eseményt az akarat diadalára forgatták, Leni Riefenstahl propagandafilmje a náci párt számára. Schirach meghatározta az ifjúsági szervezet militarista hangját, amely katonai stílusú gyakorlatokban vett részt, valamint katonai felszerelések, például puskák gyakorlását. 1939 júliusában Schirach hivatalos látogatást tett Passauban., 1940 júliusában, amikor Hans Baumann új darabját ott rendezték, Schirach ragaszkodott ahhoz, hogy 2000 helyi Hitlerjugend-tag vegyen részt az előadásban.
1940-ben Schirach megszervezte ötmillió gyermek evakuálását a szövetséges bombázások által fenyegetett városokból. Még abban az évben belépett a hadseregbe és önként jelentkezett szolgálatra Franciaországban, ahol a Vaskeresztet kapta, mielőtt visszahívták. A Großdeutschland Gyalogezred 4. (Géppuska) társaságával szolgált Gefreiter rangban. A francia hadjárat során előléptették Leutnantba, és bátorságáért tüntették ki.,
1940. augusztus 8-án Schirach Josef Bürckel utóda lett a Bécsi Reichsgaui Gauleiter és Reichsstatthalter személyében, akik a háború végéig maradtak. Bürckel utóda volt a WEHRKREIS (Katonai Körzet) XVII. birodalmi védelmi biztosa is, aki saját Reichsgau mellett a Reichsgau felső-Dunát, a Reichsgau alsó-Dunát és a Reichsgau Sudetenland részét is magában foglalta. Abban az időben Artur Axmann váltotta fel Reichsjugendführerként, bár megtartotta Reichsleiter pozícióját az ifjúsági oktatás számára. 1941-ben SA-Obergruppenführer rangot kapott., 1942.November 16-án a birodalmi védelmi biztosok hatáskörét Wehrkreisről Gau szintre változtatták, és csak reichsgau Bécs felett tartotta fenn a polgári védelmi intézkedések irányítását.
Schirach antiszemita volt, aki a zsidók nagy részét Bécsből a náci koncentrációs táborokba küldte. Hivatali ideje alatt 65 000 zsidót deportáltak. 1942.szeptember 15-i beszédében azt mondta, hogy deportálásuk “hozzájárulás az európai kultúrához”., 1942-ben Richard Strauss német zeneszerző fiával, Franz-szal és Zsidó leányával, Alice-szel és gyermekeikkel Bécsbe költözött, hogy Schirach védelmét élvezhessék. Azonban, 25 rokonai meghalt náci koncentrációban camps.In 1944-ben Alice-t és Franz-t elrabolta a Bécsi Gestapo és két éjszakára bebörtönözték. Strauss személyes fellebbezést Schirach megmentette őket, amely lehetővé teszi számára, hogy vigye vissza a birtokára Garmisch-Partenkirchen, ahol továbbra is házi őrizetben végéig a háború.,
később a háború alatt Schirach a kelet-európai népek mérsékelt bánásmódját szorgalmazta, és bírálta a zsidók deportálásának feltételeit. 1943-ban Hitlerhez került, de Bécsben maradt.
Schirach közismerten aggódott a légitámadások miatt. A Bécsi belvárosban lévő Hofburg-palota pincéit felújíttatta és tűzszerészként átalakította, a Bécstől nyugatra fekvő erdőkben található kiterjedt földalatti bécsi légvédelmi Koordinációs Központ alsó szintje pedig személyes létesítményeket tartott számára., A bécsiek ezt a parancsnoki és irányító központot “Schirach-Bunkernek”nevezték el.