Wilhelm był już doświadczonym władcą. W Normandii zastąpił nielojalną szlachtę i sług Książęcych swoimi przyjaciółmi, ograniczył prywatne wojny i odzyskał uzurpowane prawa książęce, określając obowiązki swoich wasali. Kościół Normanów rozkwitł za jego panowania, dostosowując jego struktury do tradycji angielskich. Podobnie jak wielu współczesnych władców, chciał, aby Kościół w Anglii był wolny od korupcji, ale także podległy mu. W ten sposób potępił symonię i nie aprobował małżeństwa klerykalnego., Nie tolerował sprzeciwu biskupów i Opatów ani ingerencji ze strony papiestwa, ale pozostawał w dobrych stosunkach z papieżami Aleksandrem II i Grzegorzem VII—choć sporadycznie pojawiały się napięcia. W czasie jego rządów znacznie częściej odbywały się synody kościelne, przewodniczył też kilku Radom episkopalnym. Był w tym sprawnie wspierany przez swojego bliskiego doradcę Lanfranca, którego mianował arcybiskupem Canterbury, zastępując Stiganda; William zastąpił wszystkich innych anglosaskich biskupów Anglii-z wyjątkiem Wulfstana Z Dorchester—Normanami., Propagował także reformę monastyczną sprowadzając normańskich mnichów i Opatów, przyspieszając tym samym tempo życia monastycznego w Anglii i dostosowując je do rozwoju kontynentalnego.
William opuścił Anglię na początku 1067 roku, ale musiał wrócić w grudniu, aby poradzić sobie z niepokojami. Bunty, które rozpoczęły się w tym roku, osiągnęły swój szczyt w 1069 roku, kiedy William uciekał się do tak gwałtownych środków, że nawet współcześni byli zszokowani. Aby zapewnić sobie władzę w kraju, wprowadził normańską praktykę budowania zamków, w tym Tower of London., Bunty, które zostały stłumione do 1071 roku, zakończyły ruinę Angielskiej wyższej arystokracji i zapewniły jej zastąpienie przez arystokrację normańskich Lordów, którzy wprowadzili wzory posiadania ziemi i służby wojskowej, które rozwinęły się w Normandii. Aby zabezpieczyć granice Anglii, najechał Szkocję w 1072 i Walię w 1081, tworząc specjalne obronne hrabstwa „marcher” wzdłuż granic Szkocji i Walii.
w ciągu ostatnich 15 lat swojego życia William częściej przebywał w Normandii niż w Anglii. Zachował przy sobie większość największych ANGLO-normańskich baronów w Normandii i powierzył rządy Anglii biskupom, ufając zwłaszcza swojemu staremu przyjacielowi Lanfrancowi., Wrócił do Anglii tylko wtedy, gdy było to absolutnie konieczne: w 1075 R., aby poradzić sobie z następstwami buntu Rogera, hrabiego Hereford, i Ralfa, hrabiego Norfolk, który stał się bardziej niebezpieczny dzięki interwencji Duńskiej floty; a w 1082 R., aby aresztować i uwięzić swojego przyrodniego brata Odo, który planował zabrać armię do Włoch, być może, aby stać się papieżem. Wiosną 1082 roku William otrzymał tytuł szlachecki, a w sierpniu w Salisbury przyjął przysięgę wierności od wszystkich ważnych właścicieli ziemskich w Anglii., W 1085 roku powrócił z dużą armią, by stawić czoła groźbie inwazji Kanuta IV (Kanuta Świętego) na Danię. Po śmierci Kanuta w 1086 roku, William zlecił przeprowadzenie analizy ekonomicznej i tenurialnej królestwa, której wyniki są podsumowane w dwóch tomach Domesday Book, jednego z największych osiągnięć administracyjnych średniowiecza.
pomimo swoich obowiązków jako króla, William pozostał zajęty granicami Normandii nawet po podboju. Miejsca zagrożenia znajdowały się w Maine i Vexin nad Sekwaną, gdzie Normandia graniczyła z francuską królewską demesne. Po 1066 kontynentalni sąsiedzi Wilhelma stali się silniejsi i jeszcze bardziej wrogo nastawieni. Fulk gburowaty zdobył Anjou w 1068 roku, a Robert fryzyjski Flandrię w 1071 roku., Król Francji Filip i sprzymierzył się z Robertem, a Robert z duńskim królem Kanutem IV.pojawił się również problem następcy Wilhelma, Roberta Curthose ' a (przyszłego Roberta II), który, nie dając żadnego apanażu (przyznania ziemi z królewskiej domeny) i pozornie nie mając pieniędzy, opuścił Normandię w 1077 roku i zaintrygował wrogów swojego ojca. W 1081 roku Wilhelm zawarł z Fulkiem porozumienie w sprawie Blancheland: Robert Curthose miał zostać hrabią Maine, ale tylko jako wasal Fulka., Wschodnia część Vexin, Hrabstwo Mantes, wpadła całkowicie w ręce króla Filipa w 1077 roku, kiedy Wilhelm zajął Maine. W 1087 roku Wilhelm zażądał od Filipa zwrotu miast Chaumont, Mantes i Pontoise. W lipcu wszedł do Mantes z zaskoczenia, ale podczas gdy miasto spłonęło, albo doznał obrażeń, z których nigdy nie wyzdrowiał, albo śmiertelnie zachorował (źródła różnią się). Został udaremniony w momencie, gdy zdawał się egzekwować swoje ostatnie zaległe roszczenia terytorialne.