den 26 augusti 1988 fick Aung San Suu Kyi nationellt erkännande som effektiv ledare för opposition National League for Democracy (NLD), senare motsatt den militärledda SLORC. Aung San Suu Kyi blev generalsekreterare för National League for Democracy och var en karismatisk och effektiv talare till förmån för demokrati i hela landet. Hon sattes i husarrest av SLORC för att försöka dela armén, en anklagelse som hon konsekvent förnekade.,
även om hon inte fick springa för val i Maj 27, 1990, vann valet, hennes parti, NLD, mycket till militärens förvåning och chagrin, 80 procent av de lagstiftande platserna. De fick aldrig tillträda. Under de första åren av hennes husarrest fick Aung San Suu Kyi inte ha några besökare, men senare fick hennes närmaste familj vara med henne på tillfälliga resor till Myanmar. I januari 1994 den första besökaren utanför hennes familj, USA: s kongressledamot Bill Richardson, en demokrat från New Mexico, fick träffa henne., Hon erkändes som samvetsfånge av Amnesty International. Förenta Nationerna och ett stort antal andra nationella och internationella grupper krävde hennes ovillkorliga frigivning. Hon vann många utmärkelser för demokrati och mänskliga rättigheter, bland annat Sacharovpriset för tankefrihet (Europaparlamentet, 1991), Nobels fredspris (1991) och det internationella Simon Bolivarpriset (UNESCO, 1992).
Aung San Suu Kyi förblev under militär övervakning och husarrest fram till juli 1995., Regeringen begränsade ständigt sin rörelse i hela landet och utomlands. Under Suu Kyis första frihetsår tilläts hon bara kort resa i och runt sin hemstad Rangoon och reste inte utanför Myanmar. Hon fortsatte dock att fungera som vokalledare för NLD och driva för demokrati.