Corpuscular Filosofi
Den Skeptiske Chymist (1661), selv om en af Boyle”s mere teoretiske værker, og lider under sin sædvanlige mangel på organisation, godt illustrerer hans påstand om, at alle videnskabelige undersøgelse skal være solidt baseret på eksperimentet., Lede hans angreb på, hvad han tænkt som den fejlagtige grundlaget for nutidige kemiske teori, han frembragte omfattende eksperimentelle beviser for at tilbagevise den fremherskende aristoteliske og Paracelsiske begreber i et lille antal grundlæggende elementer eller principper, som alle forbindelser kunne reduceres ved kemisk analyse. Han påviste, at almindelige kemiske stoffer, når de nedbrydes af varme ikke kun undladt at give det nødvendige antal elementer eller principper, men at antallet var en funktion af de anvendte teknikker., Derfor benægtede han, at elementer eller principper (som således defineret) havde nogen reel eksistens og forsøgte at erstatte disse ældre begreber om kemisk ændring med det, han kaldte “corpuscular filosofi.”
selvom han understregede nødvendigheden af at basere videnskabelig forskning på eksperiment, var Boyle ikke en simpel empiriker. Bag hans mere specifikke og detaljerede arbejde var en generel teori om strukturen i sagen, og hans fortsatte støtte af den mekaniske filosofi—det er, forklaring i form af materie og bevægelse, var en af hans mest betydningsfulde bidrag., Ifølge Boyle ” s corpuscular filosofi, Gud havde oprindeligt dannet stof i bittesmå partikler af varierende størrelser og former. Disse partikler havde en tendens til at kombinere i grupper eller klynger, som på grund af deres kompaktitet havde en rimelig kontinuerlig eksistens og var de grundlæggende enheder af kemiske og fysiske processer. Enhver ændring i form, størrelse, eller bevægelse af disse grundlæggende klynger ændrede egenskaberne af det involverede stof, skønt kemiske reaktioner generelt blev tænkt som involverer primært forening og dissociation af forskellige klynger.,
Boyle gav også betydelige bidrag til eksperimentel Kemi. Han gjorde omfattende undersøgelser af calcination af metaller, forbrænding, og af egenskaberne af syrer og baser. Han understregede anvendelsen af fysiske teknikker til kemisk undersøgelse og udviklede brugen af kemiske indikatorer, der viste karakteristiske farveændringer i nærvær af visse typer stoffer. Hans banebrydende undersøgelse af fosfor, hvor han opdagede næsten alle de egenskaber, der er kendt i de næste to århundreder, illustrerer godt effektiviteten af hans eksperimentelle teknikker.