Korpuskulär filosofi
den skeptiska Kymisten (1661), även om en av Boyles mer teoretiska verk och lider av sin vanliga brist på organisation, illustrerar väl hans påstående att all vetenskaplig undersökning måste vara fast baserad på experiment., Han riktade sin attack mot vad han tänkte som de felaktiga grunden för modern kemisk teori, han förde fram omfattande experimentella bevis för att motbevisa de rådande aristoteliska och Paracelsiska begreppen om ett litet antal grundläggande element eller principer som alla föreningar kan minskas genom kemisk analys. Han visade att vanliga kemiska ämnen när de sönderdelas av värme inte bara misslyckades med att ge det nödvändiga antalet element eller principer, men att numret var en funktion av de tekniker som användes., Följaktligen förnekade han att element eller principer (som sålunda definieras) hade någon verklig existens och försökte ersätta dessa äldre begrepp av kemisk förändring med vad han kallade ”korpuskulär filosofi.”
Även om Han betonade nödvändigheten av att basera vetenskaplig forskning på experiment, var Boyle inte en enkel empiriker. Bakom hans mer specifika och detaljerade arbete var en allmän teori om materiens struktur; och hans fortsatta förespråkande av den mekaniska filosofin—det vill säga förklaring i fråga om Materia och rörelse—var ett av hans viktigaste bidrag., Enligt Boyle ’ s korpuskulära filosofi hade Gud ursprungligen bildat materia i små partiklar av olika storlekar och former. Dessa partiklar tenderar att kombineras i grupper eller kluster som på grund av sin kompaktitet hade en rimligt kontinuerlig existens och var de grundläggande enheterna av kemiska och fysiska processer. Varje förändring i form, storlek eller rörelse av dessa grundläggande kluster förändrade egenskaperna hos det berörda ämnet, även om kemiska reaktioner i allmänhet uppfattades som att i första hand involvera förening och dissociation av olika kluster.,
Boyle gjorde också betydande bidrag till experimentell kemi. Han gjorde omfattande studier av kalcinering av metaller, förbränning och egenskaper hos syror och baser. Han betonade tillämpningen av fysiska tekniker för kemisk undersökning och utvecklade användningen av kemiska indikatorer som visade karakteristiska färgförändringar i närvaro av vissa typer av ämnen. Hans banbrytande studie av fosfor, under vilken han upptäckte nästan alla egenskaper som är kända under de närmaste två århundradena, illustrerar väl effektiviteten av hans experimentella tekniker.