正しい逆転写酵素の選択

鳥骨髄芽細胞症ウイルス(AMV)逆転写酵素は、実験室で使用される最も一般的なRTsの一 170kDaのヘテロ二量体は活性に6–10mM Mg2+またはMn2+を必要とし、反応にはピロリン酸ナトリウムとスペルミジンが含まれ、全長cDNA産生を増加させ、合成中のヘアピンの形成を減少させる(3)。 AMV RTは、モロニーマウス白血病ウイルス(M-MLV)RT(4)よりも強いRNA二次構造による阻害に敏感ではありません。,

最適な酵素活性および最大cDNA長は42-48℃で起こるが、反応温度は25℃から58℃の範囲であり得る(5)。 反応温度が高いほど、RTsが失速してcDNAサイズが制限される可能性がある強いRNA二次構造の領域を変性させるのに役立ちます(6-7)。 このため、AMV RTは、強い二次構造を有するRnaを逆転写するためにしばしば使用される。 他のRTsと同様に、AMV RTは遺伝子特aなプライマー、オリゴ(dT)15プライマーまたはランダムヘキサマーと互換性がありますが、ランダムヘキサマーの使用には37℃の反応温度を低下させる必要があります。, 反応温度が42℃を超えると、適切に高い融解温度を有する遺伝子特the RTプライマーが推奨される。

高い反応温度は強力な二次構造の領域を効果的に解決することができるが、これらの温度はRNAの完全性に有害である。 RNAは熱安定性であり、金属触媒による分解の影響を受けやすい。 通常、加水分解は低い頻度で起こるが、RNA加水分解は特定の条件(例えば、最適でないpH、高温、二価の陽イオンの存在)の下で懸念されるようになる。, したがって、cDNA合成、特に長いRnaのcDNA合成は、RNAをより高い反応温度に曝さないことから利益を得る。 RNAが高温で費やす時間を最小限に抑えるために、AMVおよびM-MLV RTsを用いたcDNA合成プロトコルでは、RNAとRTプライマーを組み合わせ、一時的に加熱して二次構造を変性させ、氷上で迅速に冷却して変性状態を維持する初期変性ステップが組み込まれることが多い。 RT、反応緩衝液およびdntpsを添加し、反応を所望の温度でインキュベートする。,

AMV RTは、rna/DNAハイブリッドのRNA鎖を分解し、RTが合成中に一時停止するとRNAテンプレートを切断することができる固有のRNase H活性を有する(8)。 これにより、総cDNA収率および全長cDNAの割合が低下し、-5kbより長いRnaを逆転写するAMV RTの有用性が制限される。

典型的なRT-PCR条件には、最大5μgの総RNAまたは最大100ngのpolyA+mRNA、20-30単位の酵素および60分のインキュベーションを42℃で使用することが含まれる。, AMV RTはM-MLV RT(5-6)よりもプロセッシブであるため、同じ量のcDNAを生成するために必要な単位は少なく、25単位のAMV RTは約200単位のM-MLV RTに相当する。M-MLV RTのようなAMV RTはTaq DNAポリメラーゼを阻害することができるため、PCRの前にAMVを不活性化する必要がある(9)。 この酵素は70-100℃で加熱し、氷上で5分間インキュベーションすることによって不活性化することができる。 逆転写反応は、PCRの前に希釈されることが多く、またはスペルミジンがPCRを阻害することができるため、PCRに添加されるcDNAの量が限られている(10)。, この制限は、低存在量のRnaを検出する能力に悪影響を及ぼす可能性があります。

AMV RTは、ワンステップおよびツーステップRT-PCRおよびRT-qPCR、Rnaの逆転写<5kbおよびプライマー拡張に推奨され、特にテンプレートRNAが強い二次構造

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